Το Συμβούλιο της Επικρατείας με την υπ' αριθμ. 549/2016 απόφασή του απέρριψε την αίτηση του Μητροπολίτη Πειραιώς Σεραφείμ, που ζητούσε την διάλυση του «Τεκτονικού Ιδρύματος» και του ιδρύματος «Μέγα Αγαθοεργό Σώμα» το οποίο αποσχίσθηκε από την «Εθνική Μεγάλη Στοά της Ελλάδος», όπως υποστήριζε.
Συγκεκριμένα, ο Μητροπολίτης Πειραιώς ζητούσε από τον υπουργό Οικονομικών να εκδώσει Προεδρικό Διάταγμα με το οποίο να διαλύεται το «Τεκτονικό Ίδρυμα» και το Ίδρυμα «Μέγα Αγαθοεργό Σώμα», καθώς αυτά παρέκλιναν του σκοπού τους. Το υπουργείο Οικονομικών δεν ανταποκρίθηκε στο αίτημά του και προσέφυγε στο Συμβούλιο της Επικρατείας.
Ο Μητροπολίτης Πειραιώς υποστήριζε ότι τα επίμαχα ιδρύματα έχουν παρεκκλίνει του σκοπού τους και προωθούν «κρυφίως θρησκευτική πίστη». Ειδικότερα, υποστήριζε ότι το «Τεκτονικό Ίδρυμα» εξαπάτησε το κράτος, καθώς «δεν έχει ως πραγματικό σκοπό την πραγματοποίηση φιλανθρωπικών έργων, αλλά την ίδρυση, λειτουργία και συντήρηση μασονικών στοών και την προώθηση της λατρείας του Μεγάλου Αρχιτέκτονα του Σύμπαντος, ο οποίος οντοποείται στο πρόσωπο του Εωσφόρου».
Παράλληλα, υποστήριζε ότι προωθεί «τη θρησκευτική παραδοχή του Σατανισμού ο οποίος αποτελεί μη γνωστή θρησκεία, αντικείμενη στην δημόσια τάξη και συνεπώς μη προστατευόμενη από το άρθρο 13 του Συντάγματος», όπως ακόμη υποστήριζε ότι εντός δε του εν λόγω ιδρύματος «το οποίο είναι παγανιστικός ναός, πραγματοποιούνται μυήσεις στο μυσταγωγικό σύστημα της μασονίας, η οποία αποτελεί θρησκευτική συνωμοτική οργάνωση».
Το Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο έκρινε ότι μόνο η ιδιότητα του Μητροπολίτη και του μέλους της Διαρκούς Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος, δεν θεμελιώνει έννομο συμφέρον στον Μητροπολίτη Πειραιώς για να ζητήσει την διάλυση του εν λόγω Ιδρύματος, καθώς ούτε από το Καταστατικό Χάρτη της Εκκλησίας της Ελλάδος, αλλά ούτε από άλλη νομοθετική διάταξη αναγνωρίζεται σε Μητροπολίτη το δικαίωμα να ζητήσει από τον αρμόδιο υπουργό να εκδώσει Π.Δ. για διάλυση ιδρύματος.
Κατόπιν αυτού απορρίφθηκε η προσφυγή του Μητροπολίτη Πειραιώς ως προς το σκέλος αυτό, λόγω έλλειψης εννόμου συμφέροντος.
Ακόμη, το ΣτΕ απέρριψε ως απαράδεκτο το δεύτερο ισχυρισμό του Μητροπολίτη Πειραιώς, που αφορούσε την κατάργηση του ιδρύματος «Μέγα Αγαθοεργό Σώμα», καθώς σύμφωνα με τα υπουργεία Οικονομικών και Εργασίας δεν υφίσταται ίδρυμα με αυτή την επωνυμία.
Επίσης, το ΣτΕ έκανε δεκτές τις παρεμβάσεις κατά του Μητροπολίτη, του «Τεκτονικού Ιδρύματος», της «Μεγάλης Στοάς της Ελλάδος» και του «πρώην Μεγάλου Διδασκάλου της Μεγάλης Στοάς της Ελλάδος», προέδρου του «Ύπατου Συμβουλίου του 33ου Φιλοσοφικού Τεκτονισμού» και πρόεδρου της «Τεκτονικής Ένωσης» Χρήστου Μανέα.
